También es disputada la Isla de Manzano que está ubicada en la margen izquierda del río Neuquén, a pocos metros del casco urbano de Barda del Medio (localidad rionegrina) y frente a Vista Alegre (neuquina). Debido a que el brazo de río que separa la isla del territorio rionegrino se secó, ésta perdió su condición de isla y es ahora reclamada por Río Negro.[7]
Diversas islas del Río Limay se encuentran en disputa entre Neuquén y Río Negro, entre ellas la isla Gobernación unida hoy a la también disputada isla Chica.[8] [9]
En el lago Nahuel Huapi el límite que va desde el río Limay hasta Puerto Blest es objetado por Río Negro que sostiene que debe pasar por el brazo Machete, lo que dejaría a la isla Victoria (la Nahuel Huapi o Isla del Nahuel -o yaguar-, que oficialmente fue llamada Isla Victorica) en territorio rionegrino.