En la zona sur de los Andes se encuentran gran cantidad de bellos lagos transversales de origen tectónico glaciario, veintisiete lagos estan contenidos dentro de la geografía neuquina. La cuenca hidrográfica más importante es la del río Negro: recorren la provincia los dos ríos que lo forman, el río Limay — con sus afluentes Traful y Collón Curá — y el río Neuquén, con su afluente el río Agrio. La otra cuenca destacada es la del río Colorado. Todos los ríos neuquinos, treinta y tres en total, tienen un régimen de doble crecida, en primavera y verano, por el derretimiento de las nieves y por las lluvias.En el sector norte de la provincia se encuentran abundantes termas y geiseres, especialmente en las zonas del Domuyo (donde abundan también solfataras) y de Caviahue- Copahue.