En general, el clima neuquino es de tipo continental, frío, con estación templada. El bioma de la mayor parte de la provincia es el semidesierto con tussoc interrumpido por fachinales en las vegas y mallines, si bien los valles de los principales ríos ofrecen zonas muy fértiles (actualmente dedicadas al cultivo: manzanas, vides, agrios etc), el sector occidental de la provincia contrasta con el oriental: una franja longitudinal lindera con la cordillera de los Andes se encuentra recubierta por los bosques fríos perhúmedos antiboreales, llamados bosque andino patagónico y Selva Valdiviana. Ambos se diferencian por la densidad de su vegetación y por la presencia en la segunda de epífitas y helechos. En ambas se destacan árboles perennifolios -especialmente coníferas- como el pehuén (emblemático de la provincia), el lipain o "cedro" y el lahuán o "alerce"; y árboles caducifolios como el quetri o arrayán austral, el raulí, coihue, radal, maitén, ñiré, notro, la lenga; más los densos cañaverales -en zonas pantanosas y menucos- de la bambuacea llamada coligüe con brotes comestibles, utilizada otrora para confeccionar "chuzas" o lanzas.Así, se pueden distinguir cuatro modalidades climáticas que determinan regiones y paisajes diferentes:
Frío húmedo de los Andes Patagónicos
Semiárido cordillerano
Frío Nival